Nach dem Debakel 1990, bei dem die Grünen aus dem Bundestag gewählt wurden, und der erfolgreichen Konsolidierung, die sich schon 1994 in den Wahlergebnissen widerspiegelte, begann eine neue Zeitrechnung, jene des Mitregierens.
27. September 1998
Die Ära Kohl ging zu Ende und Bündnis 90/Die Grünen beteiligten sich mit ihren 6,7 Prozent der Wählerstimmen an der SPD-Regierung von Gerhard Schröder. Außenminister und Vizekanzler wurde Joschka Fischer, Gesundheitsministerin wurde Andrea Fischer und das Resort Umwelt leitete Jürgen Trittin. Gleich zu Beginn der Regierungszeit hatte die Partei intern mit der Frage einer Beteiligung am Kosovo-Krieg zu kämpfen. Nach den Anschlägen von 9/11 musste die ur-pazifistische Partei auch noch den Afghanistan-Einsatz der Bundeswehr mittragen. Der längerfristige Ausstieg aus der Atomenergie, ein zentrales Thema der Partei, wurde neben zahlreichen anderen Umweltthemen ebenso durchgesetzt.
22. September 2002
Mit 8,6 Prozent reichte es erneut, wenn auch knapp, für eine Fortsetzung der rot-grünen Bundesregierung. Bis 2005 flogen sie jedoch aus allen Regierungsbeteiligungen in den Bundesländern, da sich vor allem Kritik an der Agenda 2010, den Arbeitsmarktreformen, entzündete.
18. September 2005
8,1 Prozent der Stimmen waren zu wenig, um die Koalition fortzusetzen, da auch die SPD beträchtliche Stimmenverluste hinnehmen musste und für Bündnis90/Die Grünen ging es wieder in die Opposition.
27. September 2009
Mit 10,7 Prozent der Wählerstimmen erzielte die Partei das beste Wahlergebnis bei Bundestagswahlen, aber es reichte wiederum nur für die Oppositionsrolle neben der SPD und den Linken. CDU/CSU und FDP bildeten eine schwarz-gelbe Koalition. Dafür wurden sie in den Ländern wieder stärker. Der Atomunfall in Fukushima 2011 führten zu einem Höhenflug bei den Umfragewerten, und Winfried Kretschmer wurde der erste grüne Ministerpräsident in Baden-Württemberg.
22. September 2013
Nur 8,4 Prozent der Stimmen war ein ernüchterndes Ergebnis und erneut folgten personelle und thematische Änderungen.
24. September 2017
Mit 8,9 Prozent blieb man erneut hinter den Erwartungen zurück, aber seit 2018 erleben die Grünen einen neuerlichen Höhenflug bei Umfragen, nur knapp hinter der CDU/CSU. Und der Klimawandel ist aktuell das bewegende Thema.